Im Gegensatz zur Rauchschwalbe, die in Ställen und Scheunen brütet, baut die Mehlschwalbe ihre Nester außen unter die Dachunterstände von Gebäude. Da sie ein Koloniebrüter ist, werden bevorzugt große, frei stehende Häuser im ländlichen Bereich besiedelt, aber auch Gebäude in Neubausiedlungen, Industrieanlagen oder Brücken können zur Brut ausgesucht werden. Die Nester werden aus Lehm gebaut, weshalb in der näheren Umgebung ausreichend Schlammstellen und Lehmpfützen vorhanden sein müssen. Etablierte Kolonien können über viele Jahre besiedelt bleiben, bevorzugt werden dabei auch die alten Nester wieder zur Brut genutzt. Offene Agrarlandschaften, vor allem feuchte Wiesenbereiche mit Gewässern werden zur Nahrungssuche angeflogen, da hier ausreichend fliegende Insekten zu finden sind.

Als wichtigste Maßnahmen sind der Erhalt und die Neuschaffung von geeigneten Brutplätzen zu sehen. Es können z. B. Kunstnester angebracht oder raue Fassadenputze verwendet werden. Fenster, Wände und Autos können durch das Anbringen von kleinen Brettchen unter den Nestern vor Kot geschützt werden. Außerdem sollten einige Wege unbefestigt bleiben, um den Lehmnachschub für den Nestbau zu gewährleisten. Die Anlage von ständig feuchten Pfützen mit Erde, Lehm oder Schlamm kann lokal für Abhilfe sorgen. Des Weiteren sollte Extensivgrünland erhalten und auch der Einsatz von Bioziden minimiert werden. Die Sanierung von Gebäuden mit bekanntem Vorkommen von Mehlschwalben darf nur außerhalb der Brutzeit, von Ende September (Zweitbruten!) bis zum April des Folgejahres, durchgeführt werden. Sollten dabei alte Nester zerstört worden sein, kann durch Anbringen von Nisthilfen die Attraktivität des Brutplatzes für die Schwalben erhalten werden.

Die Mehlschwalbe wird in der Roten Liste für NRW als „gefährdet“ eingestuft und gilt als „besonders geschützt“.
Eine große Bedrohung stellen Gebäuderenovierungen und Fassadenreinigungen dar, da auf diese Weise ganze Kolonien vertrieben werden können. In den meisten Fällen gibt es auch kaum neue Brutmöglichkeiten, da die moderne Bauweise mit glatten Fassaden und Verwendung von Kunststoffputzen keine Ansiedlungsmöglichkeiten mehr bietet. Eine weitere Gefährdungsursache ist die zunehmende Befestigung und Asphaltierung der Wege. So gehen immer mehr Schlammstellen und Lehmpfützen verloren. Extensiv genutzte Grünlandflächen werden immer intensiver bewirtschaftet; die Folge ist ein Rückgang der Nahrungsflächen. Hinzu kommt die Verschlechterung des Nahrungsangebotes durch den Einsatz von Bioziden. Der allgemeine Rückgang der Viehhaltung auf Höfen führt zu einer Verschlechterung der Nahrungsbedingungen (Insekten).